自来水公司归水利局管理。
自来水厂属于国有企业，属于水电行业。根据相关法律规定，开发、利用、节约、保护、管理水资源、防治水害等由水利局负责，水利局是的水行政主管部门，自来水公司属于水电行业，在其管辖范围之内。
水利局的主要职责：
1、承担气象观测、作物用水观测和最优灌溉制度试验；
2、负责指导全市水利工程的灌溉用水管理；
3、负责全市农田灌溉用水实验；
4、负责全市农业灌溉计划用水、节约用水、合理配水的等业务指导工作；
5、负责全市农业灌溉科研和科技人员的培训工作；
6、承担上级交办的其它工作。
综上所述，自来水公司属于市政公用事业单位，一般由城市或者县区直接管理或者委托第三方进行运营。
【法律依据】：
《中华人民共和国水法》第三十二条
水行政主管部门会同环境保护行政主管部门、有关部门和有关省、自治区、直辖市，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，拟定国家确定的重要江河、湖泊的水功能区划，报批准。跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能区划，由有关流域管理机构会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市水行政主管部门、环境保护行政主管部门和其他有关部门拟定，分别经有关省、自治区、直辖市审查提出意见后，由水行政主管部门会同环境保护行政主管部门审核，报或者其授权的部门批准。
前款规定以外的其他江河、湖泊的水功能区划，由县级以上地方水行政主管部门会同同级环境保护行政主管部门和有关部门拟定，报同级或者其授权的部门批准，并报上一级水行政主管部门和环境保护行政主管部门备案。
县级以上水行政主管部门或者流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，核定该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的排污总量意见。